鉴定质量是司法鉴定工作的生命线，直接关系到案件事实的认定、法律的正确适用和人民群众合法权益的保护。2008年9月，司法部、国家认监委确定北京、江苏、浙江等6个省市为试点地区，启动司法鉴定机构认证认可试点工作。我校司法鉴定中心于2008年开始着手准备，陆续完成了管理体系的建立、内部审核等工作，并于2011年5月通过中国合格评定国家认可委员会的现场评审。日前国家认可委员会正式通知，中心已通过实验室认可、检查机构认可，成为浙江省第一家通过国家级认可的司法鉴定机构。
我校的法医鉴定工作始于上个世纪五十年代，当时的病理教研室老师参与了温州公安系统的法医病理检查工作，为公安机关侦破案件提供技术支持。2002年我校开始招收法医专业本科生，同年成立温州医学院司法鉴定中心，司法鉴定业务从单一的法医病理扩展到法医临床、法医精神病、法医物证、法医毒物等领域。近年来，司法鉴定中心不断完善规章制度，提高鉴定质量，在省内产生了较大的影响。2008年浙江省司法鉴定人继续教育基地落户我校。近年来，中心多次通过司法部司法鉴定科学技术研究所组织的司法鉴定能力验证项目，法医临床、法医病理、法医物证、法医毒物等领域连续两年以上取得满意结果，标志我校司法鉴定中心的鉴定质量达到稳定的优质水平。我校司法鉴定中心坚持“独立、公正、科学、客观”的原则、注重鉴定工作的社会效益，依靠学校突出的人才优势和高端检测设备，鉴定业务稳步发展，成为浙江省司法鉴定行业的排头兵。2009年获得全国司法鉴定先进集体荣誉。
目前，法院、公安委托的鉴定案件是中心的主要案源。随着中心不断壮大，鉴定业务量也逐年增多。中心继2009年鉴定业务量突破2000例之后，2010年、2011年再创新高。鉴定案件中重新鉴定案件、疑难复杂鉴定案件比例不断增加。中心高技术鉴定和疑难案件鉴定的实力在不断提升。通过认证认可活动，中心的管理更加规范，中心的鉴定质量增加了制度保障，将为促进我省司法公正公平发挥积极作用。
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