学科建设是学校发展的龙头，学科水平是学校总体水平的主要标志。近年来，学校始终把学科建设作为强校战略中的第一要务来抓。以特色、高水平作为学科建设的基本原则，坚持发扬优势、突出重点、以点带面、培植特色、保障基础、加强应用的学科建设发展方针；坚持走内涵发展为主的道路，不断增强自我发展能力的学科建设道路，学科建设取得了新的突破。

2004年，我校新增2个省部级重点实验室——卫生部视觉科学研究重点实验室、浙江省医学遗传学重点实验室；在原有4个省医学重点学科和2个省医学重点扶植学科的基础上，新增3个省医学重点学科——眼科学（眼视光）、普外科学（胰脾胃疾病）、围产医学；新增1个省中医药重点扶植学科建设项目——中西医结合儿科学（肾病）；新增校级重点学科20个，校级重点扶植学科25个。学校还组织眼视光学等8个学科申报浙江省省属高校科技创新基地及高校第五批重点学科，并实施“严格审核，重点培养，内选外聘，优化结构”的研究生导师人才发展战略，面向校内外、国内外开放式遴选研究生导师。