1月14日  附属第一医院召开第三次党代会。10月30日，附属第二医院、育英儿童医院召开第三次党代会。

1月17日  经省政府批准，王勤美教授、王良兴教授列入2003年度浙江省有突出贡献的中青年科技人员。

3月10日  经浙江省教育厅批准，我校增设海洋科学、环境科学、中药学、市场营销4个本科专业。

3月10日  附属第二医院、育英儿童医院为一对出生35天的连体婴儿成功实施分离手术。

3月17日  学校召开机关效能建设动员大会。党委书记陈惠生作动员报告，党委副书记仇毅主持会议。

3月31日，附属第一医院自行开展第一例心脏移植手术并获得成功。

3月  《温州医学院学报》、《眼视光学杂志》被收录为中国科技核心期刊。

4月2日  浙江省卫生厅同意附属眼视光医院增挂“浙江省眼视光医院”牌子。6月2日，浙江省卫生厅同意附属第一医院增挂“浙江省立温州第一医院”牌子，附属第二医院增挂“浙江省立育英医院”牌子。

4月  附属第五医院院长周永强获人事部、卫生部、国家中医药管理局授予的“全国卫生系统先进工作者”称号，附属第五医院副院长陈海泉获全国五一劳动奖章。

4月  我校开展选拔优秀高职高专毕业生进入本科学习试点工作，招收临床医学和医学检验两个专业的90名新生。

4月  学校启动《温州医学院发展规划》编制工作。

5月11日  浙江省人民政府任命陈敬桔为温州医学院副院长。

5月14日  温州医学院海洋科学研究所揭牌。校党委书记陈惠生、副院长吕建新、泰国东方大学理事会理事Prayoon Chindapradist、温州市副市长徐育斐等出席揭牌仪式。

5月29日  我校召开第五届教职工代表大会第四次会议。会议审议并通过了《关于院长工作报告暨年度财务预决算的决议》，审议并原则通过了《关于全员聘任与校内分配改革方案的决议》。

6月2日  浙江省卫生厅确定我校附属第一医院的妇产科学（生殖内分泌）、附属第二医院的骨外科学（脊柱与显微）为浙江省医学重点学科，附属第一医院的呼吸内科（中西医结合）、附属第二医院的麻醉学、附属第五医院的心血管内科为浙江省医学重点扶植学科。

6月7日  学校发布全员聘任实施意见，教学科研实验系列1—9级岗位设置及聘任条件同时公布。本轮聘任工作至11月结束。

6月8日  学校发布关于调整二级学院设置的决定。组建生命科学学院；检验医学与公共卫生学院分设为检验医学院和公共卫生学院；临床医学部更名为医学部，增挂基础医学院牌子；文理学院改建为人文与管理学院。

6月12日  附属眼视光医院与科医人医疗激光公司达成合作协议，在眼视光医院成立“屈光手术与像差研究中心”及“鹰视准分子激光亚太地区联合研究培训中心”,并设立“温州医学院－科医人屈光手术和像差研究基金”。

７月７日  全国百姓放心示范医院总结表彰大会在大连召开，附属第一医院被授予首批“全国百姓放心示范医院”称号。

7月27日  浙江省教育厅确认我校本科教学工作水平评估结论为优秀。

8月9日至11日  由名和行文副校长率领的日本宫崎大学代表团来我校访问。访问期间，双方签署了《温州医学院与宫崎大学医学部的学术合作协议》。

8月11日至12日  我校召开学生思想政治工作研讨会。唐闻捷副书记作主题报告，陈惠生书记、瞿佳院长、宣传部吕一军部长出席会议。

8月31日  我校“浙江省医学遗传学重点实验室”建设项目列入省级重点实验室和实验基地建设计划。

8月31日  浙江省教育厅确定我校《生物化学》、《医学微生物学和免疫学》、《基础化学》3门课程为省高等学校精品课程。

8月  由我校眼视光学院组织编写的教育部“十五”规划教材——眼视光学系列出版发行。

8月—10月  浙江省卫生厅专家组对附属第一医院、附属第二医院、附属台州医院、附属第五医院进行三级甲等医院评审。

9月2日  陈少贤教授荣获“浙江省优秀教师”称号。

9月28日  浙江省人民政府下发《关于表彰2004年浙江省劳动模范和模范集体的决定》，附属第一医院院长张启瑜、附属第五医院副院长韦铁民荣获“浙江省劳动模范”称号。

9月29日  2004年度中国政府“友谊奖”颁奖大会在人民大会堂举行，我校推荐的获奖专家Larry Clausen博士出席颁奖仪式。

10月25日  我校管敏鑫教授申报的项目《核修饰基因GTPBP3、TRMU和MTO1在与线粒体12S rRNA突变有关耳聋表型中的作用》通过评审，列入“国家重大基础研究（973计划）前期研究专项”计划。

10月31日  由中华医院管理学会、健康报社主办的“先声杯”优秀院长表彰会在南京举行，附属眼视光医院瞿佳院长受到表彰。 

11月9日 全球首家特殊奥林匹克运动医学中心在我校成立。国际特殊奥林匹克委员会主席Timothy Shriver出席开诊仪式，中国残联主席邓朴方发来贺信。

11月29日至12月3日  教育部本科教学工作水平评估专家组对我校进行了实地考察和评估，浙江省教育厅厅长侯靖方和副厅长蒋胜祥分别出席11月29日的汇报会和12月3日的评估情况通报会。

12月12日  中华医学会温州市分会举行换届选举，瞿佳院长当选为第八届会长。

12月16日  附属第一医院85周年院庆暨新院区奠基仪式举行。浙江省人大常委会副主任鲁松庭、省卫生厅厅长李兰娟、温州市委书记王建满、市长刘奇以及台胞何纪豪到场祝贺。校党委书记陈惠生主持仪式。

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