我校在上世纪80年代建设生物医学工程学科，于本世纪初组建了生物医学工程系和生物材料研究生所。2002年建立了生物医学工程专业。2008年经过国务院学位办批准，成为生物医学工程专业学位硕士研究生授予单位。我校也是全国第一所招收生物医学工程专业学位硕士研究生的医科类院校，将为浙江地区的医疗卫生信息化建设，医疗设备生产研究，医院高科技管理提供复合型、实用型人才，进一步推动医疗卫生领域的现代化发展。
2008年，我校共招收21名生物医学工程硕士研究生，生源总体质量良好，主要来自浙江省内各大医院、药检所等单位的工程技术人员和工程管理人员。录取的考生在第一阶段的GCT考试（攻读硕士学位研究生入学资格考试）中平均成绩百分位为81.1%，最高达98.6%。
开学典礼上，吕建新副院长代表学校对全体新生表示衷心祝贺及热烈欢迎。他介绍了我校概况及生物医学工程领域的发展情况，并对全体新生提了三点希望，希望大家处理好角色转换的关系；能在自己的领域有所突破，有所创新；能端正学习态度，提高学习质量，真正做到学有所获。典礼上，研究生部负责人还介绍了生物医学工程硕士研究生的教育特点和培养方案，并对入学新生的课程学习，中期考核提出了具体要求。
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