据中国科学技术信息研究所最新出版的《中国期刊引证研究报告（2003-2004）》统计，我校主办的《温州医学院学报》、《眼视光学杂志》和《肝胆胰外科杂志》影响因子等评价指标居全国同类期刊前列。

《温州医学院学报》影响因子为0.093，在全国63种医学院校学报中居第14位。《眼视光学杂志》影响因子为0.391，在13种眼科杂志中居第4位。《肝胆胰外科杂志》影响因子为0.460，在22种外科同类杂志中居第8位。

以上3种期刊均为中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），目前已被中国科学引文数据库、中国科技论文与引文数据库、中国生物医学引文数据库、中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据库、中文科技期刊数据库、中国医学文摘等国内10余家权威数据库收录。

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